1月21日，民航局下发《关于进一步做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作的通知》及民航防控总体工作指南、运输航空公司防控工作指南、运输机场防控工作指南等3个附件，要求民航各相关单位做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作。
民航局要求各运输航空公司、各运输机场及时修订完善本公司突发公共卫生事件应急处置工作方案。各运输航空公司要重点做好机组人员的安全防护，加强对乘机旅客的健康巡查，适当增加航空器通风，加大航后消毒力度。要为经停疫情爆发地或以疫情爆发地为始发地或目的地的航班适当增配卫生防疫包，加强地面工作人员健康管理和安全防护。
各运输机场要重点做好人员安排和物资储备，加强候机楼和员工工作区域的通风和定期消毒工作，加强对候机旅客的健康巡查。同时，各运输机场要按照当地政府要求及时启动相应的突发公共卫生事件应急响应，配合当地卫生部门或出入境检验检疫部门做好体温检测和疑似病例的排查及后续留观、交接和报告工作。要配合当地卫生部门和入境检验检疫部门对乘机旅客进行必要的告知，在适当位置设置旅客健康提示牌，加强卫生防病知识宣传。
民航局要求，航空公司和运输机场要做好应急人员和物资的保障工作;民航各地区管理局要加强对辖区内航空公司和机场的监督检查，确保各项防控措施切实落实；民航系统其他相关单位根据突发公共卫生事件应急处置职责，开展疫情防控工作。